Educanix solo tiene software totalmente libre y gratuito, sin necesidad del uso de módulos especiales para la ejecución de aplicaciones de otros sistemas operativos de pago. Estas aplicaciones son:

	gcompris: juego diseñado para niños de edades comprendidas entre los 3 y 8 años. En total contiene 49 aplicaciones con las que aprender a contar, a leer, identificación de letras, países en el mundo, movimientos con el ratón, lógica... todo integrado en un entorno gráfico ejecutable a pantalla completa, con sonidos y manuales en castellano de cada una de las aplicaciones. Cada juego presenta un problema al niño, que deberá responder con el ratón o con el teclado, dependiendo del juego y del nivel de dificultad, pudiéndose comprobar después la solución al problema. Las voces del juego han sido grabadas por niños de aproximadamente esas edades, de forma que son niños los que corrigen o felicitan a otros niños. El menú principal del juego permite filtrar las aplicaciones que aparecen en el menú gráfico, según su dificultad. La versión incluída de gcompris en Educanix es la número 6.1
	ktuberling: Educanix incluye tres versiones diferentes de este juego que consiste en ir creando un escenario con diversos objetos (a modo de iconos) sobre un fondo. Los fondos incluidos son los de un acuario, el cual se puede rellenar con peces y diferentes animales marinos, así como objetos que se pueden encontrar en alta mar. Los otros dos fondos son un pingüino y otro del Sr. Patata, a los cuales hay que componerles la cara y añadirles ciertos complementos. En el ktuberling del pingüino y del Sr. Patata, los iconos llevan asociados un sonido para su identificación. Así por ejemplo, si a alguno de estos dos personajes se les añade un sombrero, por los altavoces del ordenador escucharemos la palabra sombrero. Esta herramienta originalmente posee una barra de herramientas que permite seleccionar el idioma, grabar las imágenes... pero en Educanix, ésta ha sido eliminada de forma que sea mucho más segura y sencilla su ejecución. La versión del paquete ktuberling incluído en Educanix es la 0.4 con la versión de KDE 3.3.0 y la versión de Qt, 3.3.3
	tuxpaint: es un juego que consiste en realizar dibujos, contando para ello con diversas herramientas como pinceles de diferentes puntas, gomas de borrar, sellos con forma de números, letras, símbolos, señales de tráfico, alimentos, etc. todo acompañado de efectos sonoros y animaciones de un pingüino el cual anima a seguir con la tarea de pintar y colorear. Este juego se ejecuta también en pantalla completa. La versión de tuxpaint en educanix es la 0.9.13